本站通關安檢與登機秩序之維護，分由航警金門分駐所及各航空公司運務員負責執行，本站已去函前述相關單位，維持現場秩序，確實要求旅客登機及通關安檢，務必遵守規則，依序排隊，以加速作業速度，縮短旅客等候之時間。