因擴大小三通方案實施效應影響，經由本站中轉兩岸之台商、陸客、團體等客層，急遽增加，復因遊覽車為地區旅遊業者接送團客惟一之交通工具，致使遊覽車停車處出現停車格不敷使用的窘境。另現行遊覽車停車處係因應航廈擴建施工需要而臨時設置，為短暫權宜因應之計，動線難免未盡妥善。本站業已規劃將計程車排班處變更為遊覽車下客處，不日即將啟用，屆時，將縮短旅客下車後進入航廈之距離，順暢行進動線，而雨淋的情況亦將獲得改善。至遊覽車停車處空間不足問題，本站將納入後期航廈擴建設計規劃案中討論，研議增設的可能性。
小三通套票旅客行李直掛服務，的確為旅客帶來莫大的方便，目前，受惠旅客暫時侷限於購買套票者，未來民航局將視規劃期程及市場需求，適時研議擴大辦理的可行性，讓所有小三通旅客皆能享受起始站託運行李，目的地提領行李的便利性，現階段本站仍建議旅客善加利用航空公司一條龍套票行程。
到站行李通關速度緩慢，旅客等候時間冗長乙節，本站業已函轉航空公司卓處改善。