金門地區於民國38年國軍駐防後，曾於西洪五里埔興建機場(即西村旁邊)，民國40年6月國防部核准復興航空公司每週1班班機飛航金門，至民國47年8月23日因砲戰緣故而停航。隨後機場因軍事考量而遷至尚義，民國76年因往返 臺金旅客日增，行政院核定借用尚義機場軍方停機坪及候機室，並於當年9月由遠東航空公司首航金門－臺北航線，為 臺金民航空運開啟新的紀元。
開放民航之後，因往返臺金旅客日增，且配合政府推動金門地區綜合建設計畫，民航局乃斥資11億5千餘萬元，在尚義機場東北側另行闢建民航專用站區，並於民國83年3月1日正式成立金門丙種航空站，專責場站營運管理，提供旅客安全、便捷、舒適的空運服務，並同時帶動了金門地區的繁榮與進步。
隨著近來年小三通旅客日增，民航局乃斥資3億元新建東側航廈大樓，並於民國99年2月落成啟用，大大提升航廈容量及服務品質。此外，因97年、98年及99年之年旅運量連續3年超越150萬人次，經民航局報請行政院核定通過後，於100年1月1日正式升格為乙等航空站。
迄今，金門航空站共有金門－臺北、金門－臺中、金門－高雄、金門－嘉義及金門－臺南、金門－馬公等6條航線，每年平均服務往返 臺金旅客約170餘萬人次，對金門地區觀光事業發展及交通運輸貢獻良多，並深受金門鄉親及臺金旅客好評。
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