首先澄清小三通行李直掛服務措施，自始而終，政策方向及目標願景清楚明確，未曾有欺騙消費者之意圖。交通部於98年初派員視察金廈小三通運作現況，深感金門縣港務處水頭商港旅客服務中心行李安檢作業空間狹小、擁擠，動線雍塞、紊亂，耽誤往來金廈商旅行李安檢時間，除影響服務品質外，更是損及國家形象。為改善人、貨爭道受檢作業亂象，交通部提出金門小三通旅客行李直掛服務措施，希冀透過簡化現行空、海行李重複安檢為「二關一驗」程序，縮短安檢作業時間，藉由人、貨分流安檢機制，消弭人、貨爭道現象，通暢行李安檢動線，並減少旅客提領行李次數，減輕旅客體力負荷。
初期因案涉兩岸協調問題，難以同步雙向提供小三通套票旅客行李直掛服務，遂由我方先行開辦，釋出善意及政策利多，期間並積極協商、溝通，以促使對岸主管高層及觀光從業跟進。
自98年6月15日試辦迄今已逾半年，頗獲商旅好評，惟無法雙向行李直掛，常為旅客所詬病。歷經半年，經由中央與地方相關單位合作無間、居間斡旋，終於突破制度藩籬，與對岸達成小三通套票旅客行李雙向直掛服務之共識，並預訂於99年1月25日開辦廈門往臺灣小三通套票旅客行李直掛服務，屆時，小三通套票旅客行李雙向直掛服務時代正式來臨。