目前本機場尚未設置免稅店。為促近離島地區經濟繁榮，因此由地方政府(以下簡稱縣政府)擬定離島免稅購物商店設置辦法草案，明定免稅店設置、物品交易買賣等相關規定，草案研擬於機場設置免稅商店，惟行函本站徵求意見時，本站表明將依商店設置辦法及房屋土地使用收費標準，收取相關費用，其後，府方針對機場設置免稅商店隻字未提，本案自此懸宕未果。未來兩岸直航班機頻繁，旅客需求高漲催化作用下應當會有設置的可能性，然而本站權責僅配合縣政府提供合適場地，設置與否之決定權仍操之於縣政府。