1. 執行金門地區輸出入動植物及其產品檢疫。
2. 自大陸入境金門地區之旅客攜帶動植物及其產品檢疫。
3. 執行金門尚義機場運往台灣本島之應施檢查之動物及其產品檢查工作。
4. 執行料羅港運往台灣本島之應施檢查之動物及其產品檢查工作。
5. 督導烈嶼鄉肉品市場及金門縣肉品市場屠宰豬、牛、羊之衛生檢查工作。
6. 金門地區運往臺灣本島之郵包檢查。